След създаването на ИБЕИ-БАН през 2010 в института се обединяват колекциите на Института по зоология, Института по ботаника и Централната лаборатория по обща екология. Днес в ИБЕИ–БАН се съхраняват хербариум, микологична, палеоботанична и палинологична колекции, колекция с живи растения и зоологични колекции.
В допълнение към тези организирани и каталогизирани колекции, има и няколко колекции, предимно паразитни червеи, почвени нематоди, гастроподи, многоножки, водни безгръбначни, дребни бозайници, които са в процес на обработка по регистрацията и каталогизирането им.

• Микологична колекция (SOMF)
• Палеоботанична колекция
• Хербариум SOM
• Палинологична колекция
• Ex situ колекция от живи растения
• Протозоологична колекция
• Хелминтологична колекция
• Нематологична колекция
• Малакологична колекция
• Колекция Водни безгръбначни
• Колекция Многоножки
• Ентомологична и арахнологична колекция
• Колекция фосилни бозайници
• Колекция рецентни бозайници